Nguyên nhân chủ yếu của Chiến tranh Kosovo là yếu tố sắc tộc và có nguồn gốc lịch sử lâu đời[54].

Nguyên nhân lịch sử

Người Slav, trong đó có người Serbia đến bán đảo Balkan vào khoảng thế kỷ thứ bảy trước công nguyên. Trên mảnh đất mà Đế chế Byzantium cấp cho, người Serbia dần xây dựng và mở rộng đất đai và lập nên vương quốc Serbia. Vương quốc này đã có thời cực thịnh vượng (khoảng đầu thế kỷ XIV) và bao gồm cả Bosnia, Slovenia và Croatia. Kosovo từng là trung tâm của vương quốc này. Cũng chính tại Kosovo vào năm1389 Hoàng tử La-da, thủ lĩnh của Serbia đã ngã xuống trong trận chiến đấu chống đế quốc Ottoman để bảo vệ vương quốc Serbia. Tuy cuộc chiến thất bại, nhưng từ đó Kosovo được coi như cái nôi lịch sử, nơi hội tụ tinh thần dân tộc Serbia. Ottoman cai trị vùng đất của Serbia mang theo cả một sự xáo trộn dân số và tôn giáo. Người Albani, đạo Hồi cùng theo đó mà thâm nhập vào đây. Trong nhiều thế kỷ sau đó cả vùng đất Balkan bị chia sẻ, giành giật giữa đế quốc Ottoman và Triều Hã-bu-rơ, tiếp đó là đế quốc Áo-Hung. Sự di dân, quá trình đấu tranh đòi độc lập dân tộc xen kẽ với các cuộc chiến tranh triền miên giữa liên minh của từng dân tộc với các đế quốc cai trị chống lại liên minh của dân tộc khác và đế quốc khác là nguyên nhân tồn tại cùng một lúc hai quá trình trái ngược nhau: quá trình phân tách và quá trình đồng hoá dân tộc và tôn giáo. Điều này giải thích cho hiện tượng đa dân tộc, đa tôn giáo và sự bố trí nhiều khi xen kẽ giữa các cộng đồng dân tộc và tôn giáo khác nhau, cũng như những mối hiềm khích giữa các cộng đồng ở Balkan.

Đầu thế kỷ XIX, sau những cuộc nổi dậy của người Serbia, nhà nước Serbia ra đời và liên tục mở rộng đất đai, đặc biệt thông qua các cuộc chiến tranh Balkan. Kết thúc chiến tranh thế giới thứ nhất, với Hoà ước Versailles, Serbia đã trở thành Nam Tư và bao gồm cả Kosovo, Vovoidin, Montenegro, Bosnia, Croatia và Slovenia và như vậy đạt được hai mục tiêu: thống nhất được tất cả người Serbi trong một quốc gia và lập được một liên minh bền vững của các dân tộc Nam Sla-vơ.

Trong chiến tranh thế giới thứ hai đất nước Nam Tư bị phát xít Đức xâm chiếm và chia cắt (Kosovo lúc đầu bị đưa cho An-ba-ni sau đó bị Italia sáp nhập), nhưng kết thúc chiến tranh, lãnh thổ nước này lại được thừa nhận như trong Hoà ước Versailles. Dưới chính quyền của tổng thống Tito, Nam Tư là một nhà nước liên bang gồm sáu nước cộng hoà: Serbia, Slovenia, Croatia, Bosnia, Montenegro, Makedonia và hai khu tự trị: Kosovo và Vovoidin. Với chính sách dân tộc cân bằng và trong bối cảnh chiến tranh lạnh, cộng với tình hình kinh tế Nam Tư còn khả quan, các mâu thuẫn sắc tộc lắng xuống hoặc được giải quyết tương đối êm thấm[54].

Nguyên nhân tôn giáo, sắc tộc

Tại Kosovo nơi có 90% là người Albani theo đạo Hồi, 10% người Serbi theo đạo Cơ đốc chính thống, mâu thuẫn dân tộc và tôn giáo lên cao kể từ khi một chính phủ bí mật của người Albani thành lập tồn tại song song cùng chính phủ liên bang; và đặc biệt từ khi "ngọn cờ đòi độc lập" của người Albani rơi vào tay của phái Quân đội giải phóng Kosovo chủ trương bạo lực và chính phủ trung ương tăng cường hành động để đối phó với phong trào này[54].

Tác động của phương Tây

Cho dù chính sách của ông Slobodan Milošević đối với các dân tộc không phải người Serbia, theo phương Tây,có nhiều điểm không công bằng theo quan điểm phương Tây, có nhiều phân biệt đối xử không công bằng đã đẩy các mâu thuẫn dân tộc, tôn giáo vốn có từ lâu đời lên cao điểm nhưng nếu như không có sự can thiệp từ bên ngoài có lẽ không có khủng hoảng bùng nổ và lan rộng như tình hình diễn ra mấy năm nay ở vùng đất Nam Tư cũ..

Sự việc bắt đầu từ việc nước Đức, trên cơ sở quan hệ văn hoá truyền thống gần gũi với miền Tây Nam Tư cũ, và các tính toán khẳng định vai trò ảnh hưởng của mình ở châu Âu, đã mạnh mẽ ủng hộ Slovenia và Croatia tách ra độc lập - một hành động bất ngờ đối với chính các đồng minh Tây Âu của Đức. Các nước Tây Âu lúc đầu cho rằng nên ủng hộ giải quyết các vấn đề dân tộc của Nam Tư theo tinh thần bảo toàn thống nhất liên bang, tránh một phản ứng lây lan đòi li khai của các cộng đồng sắc tộc khác nhau, tránh tình trạng "Balkan hoá". Hành động đơn phương của Đức đặt họ vào tình thế "việc đã rồi"; hơn nữa các nước này cũng không muốn để Đức hoàn toàn chi phối chiều hướng phát triển ở khu vực, Tây Âu đã quyết định ủng hộ lập trường của Đức và đứng ra làm người bảo trợ cho các tiến trình tách khỏi liên bang của Slovenia, Croatia, Bosnia. Tuy nhiên, do thực lực và tiếng nói còn hạn chế nên Tây Âu đã để tuột dần sang cho Mỹ vai trò chi phối các tiến trình này. Sự can thiệp bên ngoài để thúc ép tiến trình phân tách của một dân tộc là chất xúc tác mạnh mẽ cho các cuộc bạo động và khuyến khích các dân tộc khác cũng đòi hỏi được tách ra độc lập tương tự. Sự bùng nổ dây chuyền những đòi hỏi độc lập này đã gây ra một tình trạng căng thẳng leo thang khó kiểm soát nổi bên trong Nam Tư, tạo thêm cớ để bên ngoài lợi dụng can thiệp sâu hơn nữa.Tình hình bùng nổ ở Kosovo chính là diễn biến logic sau khi Slovenia, Croatia, rồi Bosnia giành được độc lập nhờ sự hỗ trợ can thiệp trực tiếp của nước ngoài. Ngươì Albani ở Kosovo rõ ràng cũng muốn theo gương các nước Cộng hoà cũ này của Nam Tư. Cứ theo logic đó thì Kosovo chưa chắc là điểm dừng cuối cùng của cuộc khủng hoảng Nam Tư, bởi vì tại Montenegro (một nước cộng hoà hiện còn nằm trong Liên bang Nam Tư ngày nay), hay ở Macedonia cũng có những cơ cấu và mâu thuẫn sắc tộc phức tạp tương tự như ở Kosovo và Nam Tư[54].